Skipet hørte hjemme i Amsterdam og forlot byen 2. mars. Det skulle til Drøbak i ballast. Ballast ble brukt til å stabilisere skipet ved å gi det tyngde i form av sand og stein. Skipet hadde ikke med varer som skulle selges, men skulle hente et parti tømmer.
Mannskapet kom fra Hindlopen i dagens Nederland. De tilhørte annabaptistene, en streng religiøs krets etter reformasjonen. Som pasifister kunne de ikke seile på skip med kanoner. Derfor seilte de ofte på skip som skulle til Norge for å hente tømmer. Det er ikke funnet kanoner eller andre våpen om bord på skipet.
Beskrivelser av skipet før det sank forteller at ballasten hadde forskjøvet seg slik at skipet stod med baugen ned i vannet og akterspeilet opp. Det ble anslått som vanskelig å berge noe. Beskrivelsen av seilasen viste at mannskapet hadde klart å manøvrere seg gjennom brenningene uskadet, men innaskjærs hadde de så støtt på grunn og forlatt skipet. Lokalbefolkningen hadde vært ute for å hjelpe til med å berge skipet, men manglet tau. Mannskapet opplyste da om at tauene var stuet vekk under dekk. Redningsforsøket måtte oppgis.
Hva var årsaken til at mannskapet ikke gjorde mer for å redde skipet? Etter 20 dager underveis fra Amsterdam med et ganske lite mannskap var de antagelig utmattet. Det har vært spekulert i om skipperen kunne hatt uhederlige hensikter, men motivet er uklart. Kanskje kan søk i arkiver si noe om forsikringsforholdet rundt skipet.
I 2019 fant Søgne dykkerklubb vraket etter Juffrau Elisabedt. Deler av inventaret ble tatt inn og konservert ved Norsk Maritimt Museum. Vraket er i dag et fredet kulturminne.