I museumshavnen kan du se norske trebåter fra hele landet. Norge har sterke båtbyggertradisjoner med tydelig lokale særpreg. Båtene ble formet ut fra lokale behov og det farvannet de skulle brukes i. Noen er gode å ro og tar mange passasjerer, noen seiler godt i skiftende vind, og noen er laget for høy sjø og fiske langt fra land.
Båtene er i privat eie og organisert igjennom Gjøahavn båtforening.